Même si des archéologues ont récemment trouvé des traces d'occupations phénicienne et romaine sur les îles d'Essaouira, c'est au début du 16e siècle que l'histoire connue de la ville commence. En 1506, les Portugais s'installent dans la région et construisent un château royal et des remparts. Les habitants de la région s'y opposent et les chassent quatre ans plus tard.
C'est en 1765 que naît, sous le nom de Mogador, la ville telle qu'on la connaît aujourd'hui. Le sultan de l'époque décide d'y faire construire un port fortifié, utilisable toute l'année. La Sqala, une esplanade de 200 mètres de long, est alors bâtie.
De la fin du 18e siècle au début 19e siècle, Mogador devient une plaque tournante pour les activités commerciales de la région. Son port, surnommé "port de Tombouctou", accueille des chargements d'or et d'épices en provenance d'Afrique noire. À cette époque, Mogador est l'unique port du Maroc à s'ouvrir au commerce extérieur.
Après cet âge d'or, le déclin de la ville commence dans les années 1840, avec le bombardement du port par les Français et l'évolution des bateaux qui accostent désormais dans des ports plus adaptés à Agadir, Tanger et Casablanca.
La ville connaîtra une véritable renaissance dans les années 1990 grâce au boom du tourisme et sa vie culturelle animée. Son port historique, sa Médina classée à l'UNESCO et son côté attachant attirent autant les voyageurs étrangers que les artistes du monde entier. Après avoir servi de décor pour Othello, le long métrage d'Orson Welles, la ville incarne aujourd'hui la cité portuaire d'Astapor dans Game of Thrones.